常州市妇幼保健院筹建于1981年，2003年完成与常州市妇幼保健所的合并。经过30多年的发展，现集医疗、保健、教学、科研于一体，2007年被卫生部授予三级甲等妇幼保健院，2010年成为南京医科大学附属常州妇幼保健院，是首批国家级“爱婴医院”，先后获得“全国妇幼卫生工作先进单位”，省、市“文明单位”，“市先进基层党组织”等多项荣誉称号。2011年获得“全国地市级妇幼保健机构运营与发展状况综合指标排名第七位”，2012年8月通过了省卫生厅“三甲”复核评审。在注重医疗保健、学科发展的同时，加强道德文化建设，是常州市卫生系统首批道德讲堂示范点，在2013年省卫生厅101家三级医院满意度函调中，出院病人综合满意度达94.13%，获得了全市第3名，全省第30名的好成绩，2014年被评为常州市“三八”红旗集体。2015年授予常州市五一劳动奖状，院党委被评为常州市先进基层党组织。2016年医院被评为2013-2015年度常州市文明单位。